L'agroécologie a été choisie par l'Inra comme l'un des chantiers de prospective interdisciplinaire destiné à identifier les fronts de recherche en réponse à de grands défis sociétaux. Quatre-vingt chercheurs ont dressé un bilan, et proposé des pistes de recherche pour l'agroécologie, et cet ouvrage en synthétise les principales conclusions. L'agroécologie, en tant que discipline scientifique, remettant l'écologie au centre de la conception des systèmes agricoles, est maintenant bien présente. Diversifier le vivant dans des agroécosystèmes est une visée à large spectre, pour les rendre plus robustes, plus résilients. Les recherches en génétique et en écologie du paysage sont mobilisées pour que l'agroécologie utilise des leviers de la parcelle au paysage. La modélisation des systèmes agroécologiques se développe pour mieux comprendre les interactions biotiques et abiotiques multiples, les prédire, et commencer à piloter certains systèmes. La diversification du vivant dans la production agricole (espèces, variétés, successions culturales, etc.) conduit à des produits plus variés. Les conséquences seront importantes sur les filières, ou plus exactement sur les systèmes agri-alimentaires, allant du mode de production aux produits consommés. Ces changements s'inscrivent sur le long terme. La transition agroécologique, adaptative, se coconstruisant avec les acteurs, est en soi un sujet de recherche, et pourra s'appuyer sur des dispositifs expérimentaux, des exploitations agricoles, des territoires d'innovation.