Hệ thống kiểm soát nội bộ là một công cụ không thể thiếu tại các đơn vị sản xuất kinh doanh. Hệ thống này nếu được xây dựng chặt chẽ sẽ giúp các đơn vị quản lý tốt vốn đầu tư, giám sát hoạt động tại đơn vị một cách hiệu quả và kịp thời. Đơn vị có thể dễ dàng điều hành hoạt động, giảm thất thoát tài sản từ đó duy trì khả năng hoạt động liên tục. Trên cơ sở phân tích hệ thống kiểm soát nội bộ theo khuôn khổ COSO, nghiên cứu kết luận các doanh nghiệp nhỏ và vừa trong mẫu khảo sát với sự thiếu hụt về vốn, quy mô và số lượng lao động dẫn đến hệ thống kiểm soát nội bộ không được xây dựng hoặc nếu có thì rất đơn sơ và tồn tại một số vấn đề bất cập. Thứ nhất, doanh nghiệp chưa đảm bảo bí mật về thu nhập của nhân viên nên dễ gây ra sự chia rẽ nội bộ. Thứ hai, việc phân chia công việc cho các bộ phận tại doanh nghiệp còn chồng chéo và tình trạng kiêm nhiệm nhiều chức vụ gây ra nguy cơ thất thoát và trục lợi. Thứ ba, các đơn vị trong phạm vi nghiên cứu chưa thành lập bộ phận chuyên trách về kiểm tra, kiểm soát dẫn đến công tác giảm thiểu rủi ro trở nên yếu kém, doanh nghiệp gặp trở ngại khi đánh giá các mục tiêu trong kinh doanh. Ngoài ra, báo cáo tài chính tại các đơn vị chưa được xem xét bởi bất kỳ một công ty kiểm toán nào, cũng như việc quản lý lượng tiền tồn tại quỹ chưa có cơ sở khoa học. Trước thực trạng nêu trên, các giải pháp được nghiên cứu đưa ra sẽ góp phần hình thành và duy trì hệ thống kiểm soát nội bộ tại các đơn vị một cách hiệu quả.The internal control system is an effective tool to ensure the safety of investment capital, manage business risks, and build an effective and timely operating mechanism. From that basis, the enterprise can grasp the operational situation, avoid causing loss of assets and affect its continuous operative ability. Evaluation of the five components that make up the internal control system based on the COSO framework, the study concludes that for small and medium-sized enterprises, due to limited capital, size, and the number of employees, the internal control system remains some typical limitations. First, enterprises do not ensure the confidentiality of employees’ income, causing disunity among employees. Second, the division of work to accountants, storekeepers, and cashiers also violates the principle of non-duality which has potential risks of loss and intentional profit. Third, most units have not yet established an internal control/audit committee, leading to poor risk management and difficulty controlling business objectives. Besides, an independent auditor has not reviewed the financial statements, and management of the fund’s cash amount has not yet had a scientific basis. Based on the aforementioned results, several proposed solutions will improve the internal control system for small and medium enterprises in the Mekong Delta.