Vi khuẩn Bacillus subtilis var natto được phân lập từ men vi sinh lên men natto và từ đậu tương lên men, có khuẩn lạc hình tròn, màu trắng sữa, mặt hơi gồ ghề, có mép răng cưa, đường kính của khuẩn lạc trên môi trường King’s B rắn từ 3 mm - 7 mm sau 48 giờ nhân nuôi ở điều kiện nhiệt độ 30o C. Kết quả nghiên cứu cho thấy, môi trường King’s B hoặc Luria-Bertani (LB) đều có thể sử dụng để nhân nhanh sinh khối loài vi khuẩn này. Nhiệt độ thích hợp cho việc nhân nuôi loài vi khuẩn Bacillus subtilis var natto từ 35oC - 38oC, thời gian nhân nuôi là 48 giờ, sử dụng máy lắc 120 vòng/phút. Mật độ khuẩn lạc sau khi nhân nuôi đạt trên 109 cfu/ml, có thể sử dụng làm men vi sinh cho quá trình sản xuất sản phẩm đậu tương lên men natto.