Khoa học tự nhiên là môn học được xây dựng trên nền tảng của Vật lí, Hoá học, Sinh học, có sự kết hợp giữa lí thuyết, thực nghiệm và thực tiễn. Vì thế, việc áp dụng mô hình giáo dục STEM vào dạy học Khoa học tự nhiên sẽ góp phần thúc đẩy sự phát triển khả năng ứng dụng vào thực tiễn của kiến thức được học. Tuy nhiên, để có được kết quả học tập chính xác, khách quan thì việc kiểm tra đánh giá xuyên suốt môn học là một khó khăn lớn. Thông qua khảo sát 30 giáo viên và 80 học sinh ở các trường Trung học cơ sở tại Thành phố Huế cho thấy tầm quan trọng của kiểm tra đánh giá năng lực học sinh trong dạy học Khoa học tự nhiên theo định hướng giáo dục STEM. Từ đó, nội dung bài báo đề xuất một số biện pháp và quy trình kiểm tra đánh giá năng lực phù hợp với bối cảnh hiện nay, tạo tác động tích cực đến sự phát triển năng lực của học sinh trong dạy học Khoa học tự nhiên theo định hướng giáo dục STEM.Natural science is a subject built on the foundation of Physics, Chemistry, Biology, with a combination of theory, experiment and practice. Therefore, applying the STEM education model to teaching Natural Sciences will contribute to promoting the development of practical application of learned knowledge. However, to get accurate and objective learning results, testing and evaluating throughout the subject is a big difficulty. Through a survey of 30 teachers and 80 students in secondary schools in Hue city, it shows the importance of testing and assessing students’ capacity in teaching Natural Sciences according to STEM education orientation. From there, the article proposes a number of measures and procedures for testing and assessing capacity appropriate to the current context, creating a positive impact on the development of students' capacity in teaching Natural Science under STEM education orientation.