Hệ thống âm vị của tiếng Việt và tiếng Khmer có nhiều âm giống nhau từ phụ âm đầu, nguyên âm chính đến các âm cuối. Bên cạnh đó, giữa hai ngôn ngữ cũng có nhiêu âm vị khác biệt. Các phụ âm đâu quặt lưỡi, các phụ âm môi - răng chỉ có trong tiếng Việt mà không có trong tiếng Khmer. Tiếng Khmer còn báo lưu các tổ hợp phụ âm đầu còn tiếng Việt đã hoàn thành quá trình đơn hóa phụ âm đầu. Tiếng Khmer không có hệ thống âm đệm như tiếng Việt, số lượng nguyên âm trong tiếng Khmer nhiều hơn trong tiếng Việt rất nhiều. Sự chuyển sắc. dịch chuyên lười giữa các yếu tố trong các nguyên âm đôi của tiếng Khmer diễn ra phức tạp hơn tiếng Việt. Một số âm cuối có trong tiếng Khmer như /I/, /d/, /?/ nhưng lại không có trong tiếng Việt.