Canh tác hữu cơ đã trờ thành một vấn đề rất quan trọng cho nền nông nghiệp phát triển bền vững bằng cách sử dụng các loại phân bón hữu cơ chất lượng cao để cải thiện độ phì nhiêu của đất. Quá trình sản xuất phân hữu cơ với nhiệt độ cao có thể sản xuất ra những loại phân hữu cơ có chất lượng cao, có chứa nhiều chất dinh dưỡng thay thế được các loại phân hóa học và có chứa các loại vi sinh vật có ích có tác dụng thay thế thuốc trừ sâu. Những vi khuẩn có ích được tìm thấy như Bacillus spp. của Firmicutes, Actinomycetaceaesợp. của Actinobacteria, Proteobacteriasyyi. và Bacteroidetes spp., là những nhóm chính của nhóm vi khuẩn vùng rễ cây. Những loại vi khuẩn có ích đơn độc như Streptomycests spp., Bacillus subtilis, Lactobacillus spp. có khả năng sản xuất thương mại hóa như là loại thuốc trừ sâu sinh học. Sự đa dạng phong phú của vi khuẩn, nấm mốc và chức năng của chúng trong tự nhiên như vi khuẩn vùng rễ cây và những vi khuẩn cộng sinh vùng rễ cây có khả năng tạo ra chất chất kích thích sinh trưởng cây trồng, chất bảo vệ cây trồng khỏi sự tấn công phá hại của vi khuẩn, nấm mốc và tuyến trùng gây hại khác cho cây trồng. Một số loại nấm mốc có lợi nhưng cũng có loại có hại cho con người và cày trồng
và sự cạnh tranh lẫn nhau giữa vi khuẩn, nấm mốc, tuyến trùng và côn trùng với cây trồng tạo nên những mối quan hệ cùng có lợi giữa chúng với nhau.