Hôn nhân cận huyết thống đã để lại nhiều hệ lụy cho nhiều gia đình và xã hội, trong đó tác động trực tiếp đến thế hệ sau của những người kết hôn cận huyết thống. Việc kết hôn cận huyết thống đã ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe của bà mẹ và trẻ em, làm suy giảm chất lượng giống nòi, chất lượng dân số và nguồn nhân lực vùng dân tộc thiểu số. Hiện nay, hôn nhân cận huyết thống đã và đang còn diễn ra ở vùng đồng bào dân tộc thiểu số nước ta, nhất là ở các vùng sâu, vùng xa vùng giáp biên giới thuộc các tỉnh Trung du và miền núi phía Bắc, Bắc Trung Bộ và duyên hải miền Trung, Tây Nguyên.Hệ lụy của hôn nhân cận huyết thống đối với gia đình và xã hội là không nhỏ, đòi hỏi chúng ta cần có các giải pháp, chính sách phù hợp, thiết thực nhằm giảm thiểu tình trạng này.