Là một huyện ngoại thành của TP. Hà Nội, cơ cấu kinh tế chủ đạo của huyện Mỹ Đức vẫn là nông nghiệp dựa trên những lợi thế về sản xuất lương thực, thực phẩm với các nông sản điển hình, như lúa, rau đậu, cây đặc sản, chăn nuôi lợn, bò, gia cầm. Trong những năm qua, nông nghiệp của huyện Mỹ Đức đã đạt được những thành tựu nhất định trong sản xuất. Tuy nhiên, so với tiềm năng và nguồn lực phát triển thì sản xuất nông nghiệp của huyện Mỹ Đức còn nhiều hạn chế. Ngành nông nghiệp chưa tương xứng với tiềm năng, năng suất lao động còn thấp, chuyển dịch cơ cấu ngành còn chậm, sức cạnh tranh của sản phẩm trên thị trường còn yếu... đang đặt ra cho ngành nông nghiệp của huyện Mỹ Đức không ít khó khăn phải giải quyết.