Botnet đang ngày càng trở thành những mối đe dọa nguy hiểm nhất trong lĩnh vực an ninh mạng, nhiều hướng tiếp cận khác nhau để phát hiện tấn công bằng botnet đã được nghiên cứu. Tuy nhiên, dù bất kì hướng tiếp cận nào được sử dụng, sự tiến hóa về bản chất của botnet cùng tập các quy luật được định nghĩa sẵn để phát hiện ra botnet có thể ảnh hưởng đến hiệu suất của hệ thống phát hiện botnet. Trong bài báo này, chúng tôi đề xuất một họ kiến trúc tổng quát sử dụng thuộc nhóm Convolutional Neural Network để biến đổi từ đặc trưng thô do các công cụ ghi nhận và phân tích network flow cung cấp thành đặc trưng cấp cao hơn, từ đó tiến hành phân lớp (nhị phân) để đánh giá một flow tương ứng với tình trạng bị botnet tấn công hay không. Chúng tôi thử nghiệm trên tập CTU-13 với các cấu hình khác nhau của convolutional neural network để đánh giá tiềm năng dùng deep learning với convolutional neural network vào bài toán phát hiện botnet. Đặc biệt là đề xuất hệ thống phát hiện Botnet sử dụng Web proxy. Đây là một kỹ thuật giúp triển khai hệ thống phát hiện botnet với chi phí thấp mang lại hiệu quả cao.