Sản xuất cây trồng nước ta cho đến nay sử dụng chủ yếu phân bón, thuốc bảo vệ thực vật và trừ cỏ hoá học. Phương thức canh tác này đã dẫn đến những hệ quả tiêu cực như sự suy giảm đa dạng sinh học của đất, đất bị thoải hoá, nguồn vi sinh vật có lợi trong đất giảm, trong khi vi sinh vật có hại ngày càng gia tăng gây ra các bệnh nguy hiểm có nguồn gốc từ đất trên nhiều loại cây trồng chủ yếu như cà phê, hồ tiêu và cây án quả. Ngoài ra sự lạm dụng hoá chất trong sản xuất nông nghiệp còn gây ô nhiễm môi trường và sản phẩm không an toàn. Để khắc phục thực trạng này, cần thiết có sự chuyển đổi mạnh mẽ từ phương thức sản xuất sử dụng hóa chất là chính sang hướng hữu cơ và sinh học. Tùy theo điểu kiện đất đai và sinh thái của từng vùng, việc gia tăng sử dụng phân hữu cơ và sinh học, thuốc bảo vệ thực vật sinh học sẽ giúp khôi phục, cải thiện độ phi và đa dạng sinh học đất, quản lý dịch hại có hiệu quả, đóng góp cho sản xuất bền vững và sản phẩm an toàn.