Chế độ kế toán hành chính sự nghiệp áp dụng cho các đơn vị sự nghiệp công lập được ban hành kèm theo Quyết định 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006 và được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 185/2010/TT-BTC ngày 15/11/2010 của Bộ Tài chính. Trải qua nhiều năm áp dụng, chế độ kế toán hành chính sự nghiệp đã bộc lộ nhiều bất cập. Đặc biệt, năm 2015, sau khi Luật kế toán, Luật Ngân sách nhà nước, Nghị định 16/NĐ-CP quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập... được ban hành, chế độ kế toán hành chính sự nghiệp đã không còn đáp ứng được tình hình thực tế của các đơn vị sự nghiệp công lập.