Việc xác định thẩm quyền kháng nghị của Viện kiểm sát trong thi hành án hình sự còn một số vướng mắc trong thực tiễn, đặc biệt là đối với các quyết định về tha tù trước thời hạn có điều kiện, quyết định áp dụng biện pháp bắt buộc chữa bệnh... Vì vậy, một số đơn vị, địa phương còn lúng túng, chưa thực sự chú trọng phát hiện vi phạm để ban hành kháng nghị.