Sự chuyển đổi mô hình nhà nước từ tập trung sang phân tán quyền lực và sự hìnhthành các nhánh quyền lực chính trị đồng thời diễn ra với quá trình mở rộng, xác lập ảnhhưởng của các chúa Nguyễn trên đất liền cũng như trên vùng Biển Đông rộng lớn. Tronghành trình dựng nghiệp của các chúa Nguyễn ở phương Nam, tuyến giao thông – giao thươngtrên Biển Đông ngày càng đóng vai trò quan trọng, trở thành một phần không thể thiếu trongđời sống chính trị - quân sự ở Đàng Trong thời bấy giờ. Theo đó, các vùng biển và hải đảodần dần được đặt trong sự kiểm soát ngày càng chặt chẽ hơn của thủy quân dưới quyền cácchúa Nguyễn. Khẳng định chủ quyền quốc gia, bảo vệ lợi ích và xác lập cách ứng xử với tàunước ngoài trên Biển Đông đã trở thành những mục tiêu quan trọng của thủy quân nói riêngvà hệ thống chính trị Đàng Trong nói chung trong suốt các thế kỉ XVII – XVIII. Để hiện thựchóa những mục tiêu ấy, nhiều hoạt động được tiến hành song song, từ việc xây dựng, tổ chứcvà huấn luyện lực lượng thủy quân đông đảo, tinh nhuệ nhằm tăng cường khả năng tuần tra,tác chiến, đảm bảo an ninh biển, đến việc cứu trợ, cứu nạn thuyền bè trong và ngoài nước…tất cả đều được tiến hành một cách liên tục, có hệ thống, gắn liền với quá trình xác lập vàcủng cố quyền lực của chính quyền phong kiến cát cứ phía Nam sông Gianh