Khám phá kháng sinh mới là một quá trình khó khăn, tốn kém và mất nhiều thời gian. Với số lượng kháng sinh được phê duyệt ngày càng giảm kết hợp với sự gia tăng đề kháng ở vi khuẩn, cần thiết phải phát triển một cách tiếp cận hợp lí hơn để tạo điều kiện và thúc đẩy quá trình khám phá kháng sinh mới. Hiện nay, hướng tiếp cận sử dụng các phương pháp in silico đang đóng vai trò ngày càng quan trọng trong quá trình này và đã trở thành một phần không thể thiếu trong phần lớn các chương trình khám phá thuốc. Bên cạnh đó, sự phát triển của các phương pháp in silico ngày càng được hỗ trợ bởi sự phát triển của các thuật toán và cơ sở công nghệ thông tin. Các công cụ in silico có thể được áp dụng ở nhiều giai đoạn khác nhau trong quá trình khám phá thuốc từ lựa chọn mục tiêu cho đến xác định các phân tử khởi nguồn đến tối ưu hóa. Trong tổng quan này, chúng tôi đề cập các phương pháp in silico đã được phát triển cho mục đích tìm kiếm các mục tiêu thuốc mới. Ngoài ra, chúng tôi cũng trình bày những tiến bộ gần đây trong việc áp dụng các phương pháp khám phá thuốc với sự hỗ trợ của máy tính để phát triển các phân tử kháng sinh mới.