Thực hiện cơ chế tự chủ đại học, nhà nước đã ban hành các văn bản quy định khác nhau, trong đó có Thông tư số 107/2017/TT-BTC hướng dẫn chế độ kế toán hành chính sự nghiệp công lập nói chung và cơ sở giáo dục đại học công lập nói riêng phân định khá rõ ràng các nguồn thu, khoản chi và tách biệt được hệ thống báo cáo kế toán theo mục tiêu sử dụng thông tin. Trên cơ sở nhận diện và thảo luận một số vấn đề liên quan đến hạch toán theo chế độ kế toán mới chưa được quy định hoặc chưa quy định chi tiết, bài viết đưa ra một số đề xuất mang tính gợi ý như là giải pháp nhằm thống nhất trong cách hạch toán để đảm bảo đúng chế độ quy định, phù hợp với chủ trương và chính sách về tự chủ đại học của Đảng và nhà nước, phù hợp với tình hình thực tế tại các trường đại học công lập.