Giả thuyết dòng tiền tự do đặt trong mối quan hệ với lý thuyết đại diện cho rằng luôn tồn tại mâu thuẫn lợi ích giữa các nhà quản lý và cổ đông của doanh nghiệp, khi các doanh nghiệp có dòng tiền tự do dư thừa lớn, các nhà quản lý có xu hướng sử dụng dòng tiền này vào các dự án mức sinh lời không cao, thậm chí là âm thay vì phân phối cho các cổ đông, điều này làm tăng chi phí đại diện, và qua đó làm giảm hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp. Bên cạnh đó, đã có những nghiên cứu chỉ ra rằng, doanh nghiệp có giá trị dòng tiền tự do cao hoạt động hiệu quả hơn những doanh nghiệp có giá trị dòng tiền tự do thấp. Từ đó cho thấy, tác động của dòng tiền tự do tới hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp không phải lúc nào cũng tuân theo giả thuyết dòng tiền tự do.