Trong các dân tộc thiểu số ở Việt Nam, người Khmer là cộng đồng có số dân tương đối lớn, chủ yếu sinh ở 9 tỉnh Tây Nam Bộ. Phật giáo Nam tông Khmer hiện nay vẫn duy trì mô hình giáo dục tại chùa
đa số các chùa đều tổ chức dạy tiến dân tộc cho con em người dân tộc Khmer ở độ tuổi từ 8 đến 15. Nhiều chùa mở những lớp dạy giáo lý, sơ cấp Vini, Anh ngữ, tin học. Ngoài ra còn có các lớp trung cấp Pali tại Trà Vinh và Học viện Phật giáo Nam tông Khmer mới được thành lập một thời gian tại Cần Thơ. Tuy hệ thống giáo dục đã tương đối hoàn thiện nhưng vẫn còn một số bất cập liên quan đến việc đào tạo sư sãi, cần được quan tâm, giải quyết để từng bước nâng cao chất lượng đào tạo của giáo dục Phật giáo Nam tông Khmer.