Những sai phạm của Bộ GD-ĐT đã làm ảnh hưởng lớn đến những chủ trương chính sách của Đảng, Nhà nước về giáo dục, gây lãng phí nguồn lực nhà nước, xã hội, làm giảm niềm tin của nhân dân, ảnh hưởng nghiêm trọng đến các mục tiêu mà Nghị quyết 29/TW và các chủ trương về giáo dục tại các kỳ Đại hội Đảng toàn quốc đã đề ra, ảnh hưởng lớn đến việc thực hiện mục tiêu “Giáo dục là quốc sách hàng đầu” đã được chỉ ra tại các kỳ Đại hội Đảng toàn quốc.