Nghiên cứu động lực học phân tử ReaxFF của hCD38 trong dung dịch nước với một số chất ức chế

0 Người đánh giá. Xếp hạng trung bình 0

Tác giả: Ứng Vận Đặng

Ngôn ngữ: Vie

Ký hiệu phân loại: 543 Analytical chemistry

Thông tin xuất bản: Tạp chí Khoa học và Công nghệ Trường Đại học Hòa Bình, 2021

Mô tả vật lý: 84-91

Bộ sưu tập: Metadata

ID: 392621

Thêm vào giỏ Liên kết toàn văn

Bài viết trình bày kết quả nghiên cứu mô phỏng động lực học phân tử trong môi trường dung dịch nước của phức chất CD38 với một số chất ức chế vi mô và nano nhờ sử dụng trường lực phản ứng ReaxFF tích hợp vào SCM ADF. Việc phân tích và xử lý kết quả dựa trên tệp quỹ đạo nguyên tử .rxkf được tạo bằng ADF và được hỗ trợ bởi phần mềm bên ngoài Hbond. Kết quả cho thấy rằng, trước tiên, ReaxFF có thể đưa ra cấu hình tâm hoạt động của protein trong vùng có khoảng cách R≤3A từ các nguyên tử của chất ức chế 41Z, phù hợp với dữ liệu cấu trúc tinh thể trong khi trường lực cổ điển đánh giá quá cao số phối trí của các nguyên tử này. Thứ hai, ngoài các yếu tố ảnh hưởng đến hoạt động của chất ức chế như cấu trúc hóa học, nhóm chức và khả năng hình thành liên kết hydro, còn có một yếu tố khác được gọi là yếu tố hình học liên quan đến mối quan hệ hình học giữa axit amin ở tâm hoạt động và phối tử chất ức chế. Cụ thể, chất ức chế có hoạt tính ức chế CD38 cao hơn nếu: i) các nguyên tử của nó tiếp cận với nhiều axit amin tâm hoạt động hơn
ii) tổng tần suất gặp các nguyên tử không phải hydro của các axit amin ở khoảng cách R≤3 Aovới các nguyên tử chất ức chế thấp hơn và iii) số lượng liên kết hydro giữa chất ức chế và axit amin cũng như H2O cao hơn.

1. Đọc trực tuyến

1. Đọc trực tuyến

Tạo bộ sưu tập với mã QR