Trong bài báo này chất lượng môi trường nước lưu vực sông Ba đoạn chảy qua địa phận tỉnh Phú Yên đã được đánh giá dựa trên việc kết hợp số liệu đo đạc, phân tích các thông số tại các điểm quan trắc theo quy chuẩn QCVN 08-MT:2015/BTNMT (cột B1) và ứng dụng phương pháp tính chỉ số WQI si của Bộ Tài nguyên và Môi trường trong giai đoạn từ năm 2016-2018 vào các thời điểm mùa khô, giao mùa và mùa mưa. Kết quả nghiên cứu cho thấy chất lượng nước sông Ba giai đoạn này có sự chuyển biến rõ rệt giữa các năm và các mùa trong năm. Chỉ số WQISI mùa khô năm 2016 dao động từ 0 đến 85, năm 2017 dao động từ ì 6 đến 95 và năm 2018 dao động từ 17 đến 86 Chỉ số WQI giao mùa năm 2016 dao động từ 42 đến 85, năm 2017 dao động từ 13 đến 91 và năm 2018 dao động từ 16 đến 84. Chỉ so WQ1 mùa mưa năm 2016 dao động từ 13 đến 77, năm 2017 dao động từ 8 đến 18 và năm 2018 dao động từ 41 đến 86. Một cách tổng quát, chất lượng nước sông Ba năm 2018 (WQ1 trung bình là 68) tốt hơn so năm 2016 (WQI trung bình là 56) và 2017 (WQI trung bình là 42) ,tại hầu hết các điểm khảo sát đều có chất lượng nước đáp ứng mục đích giao thông thủy, tưới tiêu thủy lợi, một sổ điểm đáp ứng chất lượng nước cấp cho sinh hoạt sau khi xử lý. Tuy nhiên, vẫn còn xuất hiện tình trạng ô nhiễm cục bộ tại các điểm tiếp nhận nguồn thải chủ yếu từ hoạt động của các khu công nghiệp, chế biến và nước thải sinh hoạt.