Nghiên cứu nhằm đánh giá hiện trạng chất lượng nước xung quanh sông nhánh Mỹ Thanh và ven cửa sông Mỹ Thanh, sông Hậu với 10 điểm thu mẫu làm cơ sở cho việc quản lý nguồn nước trong khu vực. Thời gian thu mẫu trong 6 tháng (01-06/2019). Kết quả cho thấy nhiệt độ và pH phù hợp với chất lượng nước tầng mặt theo quy chuẩn quốc gia (QCVN08-MT:2015/BTNMT). Độ mặn ở các điểm thu biến động cao, cao nhất là 21‰ ở vùng ven cửa sông. Độ kiềm, DO, BOD5, COD, TAN và nitrate phù hợp cho hoạt động nuôi trồng thủy sản. Hàm lượng vật chất lơ lửng, nitrite, phosphate, mật độ vi sinh vật trong nước khá cao. Chất lượng nước của các sông nhánh nội địa chủ yếu chịu tác động trực tiếp của con người, nước thải sinh hoạt, nông nghiệp và nuôi trồng thủy sản nên dễ bị biến động so với nguồn nước ngoài vùng cửa sông, ven biển.