Kiểm toán nhà nước đã ban hành đầy đủ các quy trình, chuẩn mực để hướng dẫn cho hoạt động kiểm toán trong các lĩnh vực, song ngoại trừ một số cuộc kiểm toán chuyên đề toàn ngành đều có đềcương hướng dẫn chi tiết cụ thể để đáp ứng đúng mục tiêu, nội dung kiểm toán đã đề ra, hầu hết các cuộc kiểm toán được thực hiện thường xuyên trong nhiều năm như kiểm toán ngân sách bộ ngành, kiểm toán ngân sách địa phương, kiểm toán báo cáo tài chính các doanh nghiệp nhà nước... chủ yếu thực hiện theo quy trình chung, chưa có các hướng dẫn chi tiết nên tại nhiều cuộc kiểm toán, các tổ kiểm toán được giao nhiệm vụ kiểm toán chi tiết các đơn vị trực thuộc gặp không ít các khó khăn, vướng mắc như trường hợp kiểm toán các đơn vị sự nghiệp y tế công lập trong cuộc kiểmtoán ngân sách bộ ngành.