Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt được ghi nhận trong Hiến pháp năm 2013 và được cụ thể hóa trong Luật tổ chức chính quyền địa phương năm 2015 chỉ mới phác họa một mô hình "do Quốc hội quyết định thành lập, được áp dụng các cơ chế, chính sách đặc biệt về kinh tế - xã hội, có chính quyền địa phương được tổ chức phù hợp với đặc điểm, yêu cầu, mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội của đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt đó". Bộ máy chính quyền địa phương của đơn vị này gồm có Hội đồng nhân dân (HĐND) và Ủy ban nhân dân (UBND) nhưng hoàn toàn chưa quy định cụ thể về mô hình tổ chức bộ máy và chức năng, nhiệm vụ ra sao, tương đương với cấp tỉnh, cấp huyện hay cấp xã. Bài viết đề xuất mô hình tổ chức và hoạt động của chính quyền địa phương ở đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt ở nước ta trên cơ sở nghiên cứu các văn bản pháp luật hiện hành của nước ta về tổ chức chính quyền địa phương và đúc kết có chọn lọc kinh nghiệm của thế giới trong việc xây dựng thành công mô hình tổ chức chính quyền ở các đặc khu kinh tế, đặc khu hành chính.