Nghiên cứu được thực hiện nhằm đánh giá hiện trạng tài nguyên rừng và đa đạng sinh học, thực trạng quản lý và thách thức trong hoạt động bảo tồn đa dạng sinh học tại Vườn Quốc gia Ba Bể. Nghiên cứu sử dụng phương pháp điều tra thực vật, phỏng vấn sâu, phân tích SWOT và phương pháp kế thừa. Kết quả nghiên cứu cho thấy, rừng đặc dụng tại đây chủ yếu là rừng gỗ lá rộng thường xanh hoặc nửa rụng lá trên núi đá với hệ động, thực vật phong phú. Trong 978 loài thực vật bậc cao có mạch được ghi nhận, có 34 loài thực vật có tên trong Sách Đỏ Việt Nam, 20 loài có tên trong danh lục Sách Đỏ IUCN. Trong 389 loài động vật được thống kê tại Vườn Quốc gia Ba Bể, có 3 loài chim, 16 loài thú và 6 loài bò sát có tên trong Sách Đỏ Việt Nam
3 loài chim, 19 loài thú và 9 loài bò sát được ghi trong Sách Đỏ IUCN. Tuy nhiên, tình trạng vi phạm lâm luật trong Vườn Quốc gia vẫn còn diễn ra. Công tác quản lý rừng, bảo tồn đa đạng sinh học trong Vườn Quốc gia còn gặp nhiều khó khăn và thách thức. Sinh kế của cư dân sống xen kẽ trong vùng lõi, vùng đệm của Vườn Quốc gia còn phụ thuộc lớn vào tài nguyên đa đạng sinh học, đất rừng ở đây.