Thị trường thương mại điện tử Việt Nam ngày càng được mở rộng và hiện đã trở thành phương thức kinh doanh phổ biến. Do tính chất đa dạng về mô hình hoạt động, đối tượng tham gia và quy trình chuỗi cung ứng trên nền hạ tầng Internet làm cho thương mại điện tử đã và đang trở thành một kênh quan trọng trong tiến trình phát triển kinh tế số của quốc gia, đóng góp vào sự tăng trưởng chung của nền kinh tế. Tuy nhiên, thực tế cho thấy, việc thu thuế đối với kinh doanh thuộc loại hình này vẫn còn hạn chế do nhiều nguyên nhân, trong đó, có công tác kiểm soát thu thuế mảng này vẫn chưa được chú trọng và đẩy mạnh những giải pháp phù hợp. Bài viết cung cấp hệ thống lý luận về thu ngân sách trong lĩnh vực thương mại điện tử, kết quả khảo sát thực trạng cũng như nhận định về công tác kiểm soát nội bộ của lĩnh vực này trong nghiên cứu điển hình tại Chi cục thuế Quận 10, TP. Hồ Chí Minh.