Hiện nay tình trạng suy giảm chất lượng nước sông Công ngày càng trở nên nghiêm trọng, một trong những nguyên nhân tác động đến hiện trạng này xuất phát từ nguồn ô nhiễm phi tập trung từ các diện tích canh tác nông nghiệp trên lưu vực. Trong nghiên cứu này, mô hình SWAT với bộ thông số thủy văn, bùn cát đã được hiệu chỉnh và kiểm định sẽ được sử dụng và hiệu chỉnh các thông số liên quan đến tải lượng lượng dinh dưỡng để mô phỏng và đánh giá sự biến đổi tải lượng dinh dưỡng theo không gian và thời gian dưới tác động của hoạt động canh tác nông nghiệp. Quá trình hiệu chỉnh mô hình để mô phỏng tải lượng Nitơ và Phốtpho thời đoạn tháng lần lượt được thực hiện cho giai đoạn 2010 - 2015 và 2013 - 2015 tương ứng. Các chỉ tiêu thống kê được sử dụng để đánh giá khả năng mô phỏng tải lượng dinh dưỡng của mô hình theo thời đoạn tháng gồm có hệ số hiệu quả mô phỏng Nash- Sutcliffe (NSE) và hệ số xác định (R2). Kết quả nghiên cứu cho thấy mô hình sau khi hiệu chỉnh đã có khả năng mô phỏng tải lượng dinh dưỡng nói trên ở mức hợp lý khi so sánh kết quả mô phỏng với số liệu thực đo. Kết quả nghiên cứu cũng đã đánh giá được các loại hình sử dụng đất cũng như quy trình canh tác nông nghiệp như làm đất, bón phân có tác động lớn đến sự biến đổi tải lượng Nitơ và Phốtpho hình thành và vận chuyển trên lưu vực.