Đen, nâu và hạt dẻ là màu lông phổ biến ở ngựa, do hai đột biến ASIP c.2174-2184del và MCI R C.901 O T chi phối. Các màu khác do tương tác gen tạo ra, như màu kem do gen MATP C.457 G>
A
màu dun do gen TBX3 g. 18227267+1066 G>
T
g.18227267 1.6del. Trong nghiên cứu này, kiểu gen 22 ngựa Kazakhstan Kushum được xác định bằng phương pháp PCR-RFLP cho gen MATP (liên quan đến protein vận chuyển màng-membrane transport protein association)
gen MC1R (thụ thế melanocortin 1-melanocortin 1 receptor)
gen ASIP (protein tín hiệu agouti-agouti signaling protein) và giải trình tự gen TBX3 (nhân tố phiên mã trong nang lông, T-box3, transcription factor in hair follicles). Mục tiêu nghiên cứu là xác định tấn suất các alen kiểm soát đến màu sắc lông. Kết quả, 100% ngựa Kushum không mang alen qui định màu kem Ccr. Các so liệu kiểu hình cho thấy, trong số 22 cá thể nghiên cứu có 20 cá thể màu nâu đỏ-bay, 1 màu hạt dè và 1 màu đen. Tần suất các alen A, E và c thuộc gen AS1P, MC1R và MATP xuât hiện cao, lần lượt là 0,70
0,70 và 1,00, điều này Có thể do ưu tiên chọn lọc màu nâu đỏ trong công tác giống. Mặc khác, gen TBX3 có bốn kiểu gen: D/d1, d1/d1, d1/d2 và d2/d2. Trong đó tần suât xuất hiện cao nhát là kiêu gen d2/d2 (41%), thấp nhát là D/d1 và d1/d1 (18%). Tần suất alen D, d1 và d2 lần lượt là: 15, 39 và 46%. Phân bố kiêu gen dun (D/D, D/d1, D/d2)
non dun-1 (d1/d1, d1/d2) và non dun-2 (d2/d2) tương úng là 18,41 và 41%. Có 59% cá thể mang alen liên quan màu dun, chứng tỏ quần thể mang dấu vếch ngựa nguyên thủy, phản ánh sự đa dạng di truyền màu sắc lông. Kết quả nghiên cứu bộc lộ quần thế ngựa Kushum trong nghiên cứu này chù yếu có lông màu nâu đỏ-bay, xen lẫn dấu vết sọc vằn của loài ngựa cô đại.