Năm 1989, Ngân hàng Nhà nước (NHNN) Chi nhánh tỉnh Khánh Hòa được thiết lập cùng với sự tái lập tỉnh Khánh Hòa. Vào tháng 5/1990, Pháp lệnh về NHNN va Pháp lệnh về Ngân hàng, hợp tác xã tín dụng và công ty tài chính ra đời, chính thức chuyển cơ chế hoạt động của hệ thống Ngân hàng Việt Nam từ một cấp sang hai cấp, đáp ứng chủ trương phát triển nền kinh tế nhiều thành phần, vận hành theo cơ chế thị trường của Chính phủ. Hệ thống ngân hàng tỉnh Khánh Hòa khi đó bao gồm NHNN Chi nhánh tỉnh Khánh Hòa hoạt động theo ủy quyền của Thống đốc NHNN Việt Nam, thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về tiền tệ và hoạt động ngân hàng trên địa bàn và 4 chi nhánh ngân hàng thương mại (NHTM) Nhà nước (Ngân hàng Đầu tư và Phát triển - BIDV, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn - Agribank, Ngân hàng Ngoại thương - VCB, Ngân hàng Công thương - VietinBank) hoạt động kinh doanh độc lập về tiền tệ và dịch vụ ngân hàng.