Nghiên cứu này thực hiện đánh giá sự chuyển hóa của một số hợp chất của Nitơ cụ thể là: tổng N, NO3--N, NO2--N, NH4+- N, Org-N trong mô hình tái sử dụng bùn đáy ao nuôi cá tra thâm canh làm phân bón hữu cơ. Thông qua mô hình lý thuyết chuyển hóa các hợp chất của Nitơ trong ao cá tra và quá trình ủ phân hữu cơ. Các hợp chất Nitơ được kiểm kê dựa trên nguyên tắc lý thuyết là cân bằng vật chất và lấy mẫu đo đạc trực tiếp tại hiện trường. Kết quả cho thấy, các quá trình chuyển hóa của Nitơ trong mô hình tích hợp là quá trình đồng hóa của vi sinh vật và thực vật, khoáng hóa các hợp chất hữu cơ, nitrat hóa. Các quá trình làm thất thoát Nitơ ra môi trường là bay hơi amoni, khử nitrat.