Mục đích của nghiên cứu này là xác định các nhân tố ảnh hưởng đến tổ chức kế toán tại các bệnh viện công lập chuyển sang cơ chế tự chủ tài chính trên địa bàn TP. Hồ Chí Minh. Qua kết quả khảo sát 172 cán bộ kế toán đang làm việc tại các bệnh viện công chuyển sang tự chủ tài chính tại Tp. Hồ Chí Minh, kết quả nghiên cứu chỉ ra 5 nhân tố: Hệ thống văn bản pháp luật, Hệ thống công nghệ thông tin, Trình độ của nhân viên kế toán, Sự hỗ trợ của nhà quản lý cấp cao, Kết quả tài chính ảnh hưởng đến công tác tổ chức kế toán (biến phụ thuộc) và giải thích 57.3 sự biến đổi của biến phụ thuộc. Nghiên cứu này giúp các bệnh viện công lập chuyển sang cơ chế tự chủ tài chính có những giải pháp nhằm hoàn thiện công tác tổ chức kế toán để tổ chức ngày càng phát triển vững mạnh.