Thực vật ngành Hạt trần (Gymnospermae) tại Khu vực Bảo tồn thiên nhiên (BTTN) Đồng Sơn - Kỳ Thượng, tỉnh Quảng Ninh là khá đa dạng với 10 loài, thuộc 7 chi và 5 họ. Trong đó họ Kim giao (Podocarpaceae) có số lượng lớn nhất là 4 loài, họ Thông (Pinaceae) và họ Gắm (Gnetaceae) có 2 loài, họ Thông đỏ (Taxaceae) và họ Tuế (Cycadaceae) có 1 loài. Thực vật ngành Hạt trần Khu bảo tồn thiên nhiên Đồng Sơn - Kỳ thượng có giá trị bảo tồn cao với 100% các loài được ghi nhận nằm trong Danh lục Đỏ IUCN năm 2018, 01 loài trong Sách Đỏ Việt Nam năm 2007 và 01 loài thuộc Nghị định 32/2006/NA-CP của Chính phủ năm 2006. Trong đó Dẻ tùng Vân Nam (Amentotaxus yunnanensis H. L. Li), Thông nhựa (Pinus merkusii Jungh. et de Vriese) được đánh giá ở mức rất nguy cấp (VU) trong IUCN và loài Thiên tuế (Cycas balansae Warb.) ở mức rất nguy cấp trong Sách Đỏ Việt Nam (2007). Nghiên cứu cũng đá đánh giá được hiện trạng, đặc điểm phân bố, đặc điểm tái sinh của 5 loài thực vật hạt trần quý hiếm tại khu vực nghiên cứu là Thông nàng (Dacrycarpus imbricatus (Blume) de Laub.), Kim ngao (Nageia fleuryi (Hickel) de Laub), Thông tre (Podocarpus neriifolius D. Don), Dẻ tùng Vân (Amentotaxus yunnanensis H. L. Li), và Thông tre lá ngắn (Podocarpus pilgeri Foxw.) làm cơ sở cho công tác bảo tồn các loài tại Khu Bảo tồn thiên nhiên Đồng Sơn - Kỳ Thượng.