Hệ thực vật ở Rừng đặc dụng Đèo Cả, tỉnh Phú Yên khá đa dạng, với 492 loài thuộc 329 chi và 117 họ của 4 ngành thực vật có mạch. Trong đó, ngành Ngọc lan (Magnoliophyta) chiếm ưu thế nhất với 453 loài (92,07%), 302 chi (91,79%), 95 họ (81,2%). Tiếp theo là ngành Dương xỉ (Polypodiophyta) có 32 loài (6,5%), 21 chi (6,38%), 17 họ (14,53%)
ngành Thông đất (Lycopodiophyta) có 4 loài (0,81%), 3 chi (0,91%), 2 họ (1,71%)
cuối cùng là ngành Thông (Pinophyta) có 3 loài (0,61%), 3 chi (0,91%), 3 họ (2,56%). Trong ngành Ngọc lan (Magnoliophyta) thì lớp Ngọc lan (Magnoliopsida) chiếm ưu thế. Tỷ trọng giữa lớp Ngọc lan (Magnoliopsida) và lớp Loa kèn (Liliopsida) lần lượt là 8,44 đối với số loài
7,16 đối với số chi và 4,94 đối với số họ. Mười họ đa dạng nhất có 161 loài, chiếm 32,72% tổng số loài và mười chi đa dạng nhất có 56 loài, chiếm 11,38% tổng số loài của khu vực nghiên cứu. Tài nguyên thực vật rừng ở khu vực nghiên cứu khá đa dạng, với tổng số 258 loài cây có ích, chiếm 52,44% tổng số loài đã biết, có thể được phân loại vào 15 nhóm công dụng khác nhau. Ở khu vực nghiên cứu đã ghi nhận được 28 loài thực vật bị đe dọa, trong đó có 17 loài thực vật có trong Sách Đỏ Việt Nam và 18 loài trong Nghị định 84/2021/NĐ-CP cần được bảo tồn., Tóm tắt tiếng anh, The Deo Ca Special Use Forest flora is quite diverse with 492 species belonging to 329 genera and 117 families of 4 vascular plant phyla. Of which, Magnoliophyta is the most dominant with 453 species (92.07%), 302 genera (91.79%), and 95 families (81.2%)
the next Polypodiophyta with 32 species (6.5%), 21 genera (6.38%), 17 families (14.53%)
the Lycopodiophyta has 4 species (0.81%) belonging to 3 genera (0.91%) of 2 families (1.71%)
the last Pinophyta has 3 species (0.61%) belonging to 3 genera (0.91%) and 3 families (2.56%). In the Magnoliophyta, Magnoliopsida is more dominant than Liliopsida. The ratio of Magnoliopsida to Liliopsida in terms of the species, genus, and family are 8.44, 7.16, and 4.94, respectively. The ten most diverse plant families have 161 species, accounting for 32.72% and the ten most diverse genera have 56 species, representing 11.38% of the total species in the study site. The forest plant resources in the Deo Ca Special Use Forest area have a high diversity of use values and can be classified into 15 different groups of uses. There is a total of 28 threatened plant species in the study area, of which 17 are listed in the Vietnam Red Data Book and 18 are listed in Decree No. 84/2021/ND-CP, which need to be preserved.