Theo hệ thống 5 giới, trong đó toàn bộ nhân chuẩn đơn bào được xếp vào giới Protista (Nguyên sinh vật) và thu hẹp các giới Động vật, Thực vật và Nấm chỉ trong nhân chuẩn đa bào, nhìn chung không được các nhà Động vật học chấp nhận. Nhiều sách giáo khoa về Động vật học của nhiều nước trên thế giới, vẫn như trước, giới thiệu giới Động vật gồm hai nhóm lớn Động vật đơn bào (hay Động vật nguyên sinh, Protozoa) và Động vật đa bào (hay Động vật hậu sinh, Metazoa). Tiêu chuẩn để chọn các nhóm động vật nguyên sinh là cách dinh dưỡng dị dưỡng tiêu hóa đặc trưng cho động vật, nên phạm vi của Động vật nguyên sinh được chọn trong các sách giáo khoa thường rộng, gồm nhiều nhóm xa nhau trong nhân chuẩn đơn bào. Cây phát sinh toàn bộ sinh vật nhân chuẩn (kể cả đơn bào và đa bào) được xây dựng trên so sánh trình tự phân tử của các gen di truyền gần đây (2017) lại cho thấy chỉ có ít nhóm nhân chuẩn đơn bào có quan hệ phát sinh với tổ tiên của nhân chuẩn đa bào trong giới Động vật. Tình huống này buộc phải thu hẹp phạm vi của các nhóm động vật đơn bào. Nguyên tắc để chọn các nhóm đơn bào trong giới Động vật (tức trong Động vật nguyên sinh) là (1) Các taxon bậc giới phải bao gồm tất cả các nhóm sinh vật đơn phát sinh, tức có cùng gốc trên cây phát sinh của sinh vật nhân chuẩn. Nguyên tắc này đúng cho tất cả các taxon bậc trên loài. (2) Kế thừa nhận thức truyền thống, coi Động vật, Nấm và Thực vật (kể cả đơn bào và đa bào) là các taxon bậc Giới. Nguyên tắc thứ hai sẽ chi phối việc chọn gốc cây phát sinh của Động vật và Nấm, vốn là 2 giới chị em trong nhóm Opisthokonta. Chọn lựa theo hai nguyên tắc trên, Động vật nguyên sinh gồm 3 nhóm Choanoflagellata (Trùng roi cổ áo), Filasterea và Ichthyosporea., Tóm tắt tiếng anh, According to the five-kingdom system, all unicellular eukaryotes are classified under the kingdom Protista, and multicellular eukaryotes contain only Animals, Plants, and Fungi. This classification is generally not accepted by zoologists. Many zoological textbooks still classify Animals into two large groups Protozoa and Metazoa. However, the criterion for selecting Protozoa is the specific digestive system of heterotrophic nutrition for animals, thus, the range of Protozoa is often wide, includes many different, far related groups in unicellular eukaryotes. The entire eukaryotic phylogenetic tree (both unicellular and multicellular) built on molecular sequence comparisons of recent genetics indicates that only a few single-celled eukaryotic groups have phylogenetic relationship with the ancestor of multicellular eukaryotes in the animal kingdom. This situation forces a narrowing of the range of protozoan groups. According to principle (1) Kingdom taxa must include all groups of organisms that are monophyletic, i.e. have the same root in the phylogenetic tree of eukaryotes. This principle holds for all taxa above species. (2) Inheriting the traditional perception of considering Animals, Fungi and Plants (including unicellular and multicellular) as kingdom taxons. Protozoa includes 3 groups Choanoflagellata, Filasterea and Ichthyosporea. The article also updates the morphological, biological and taxonomic characteristics of these three groups