Nước thải từ các cơ sở sau chế biến sữa đậu nành vẫn còn chứa một lượng lớn chất hữu cơ nhất là lượng protein trong sữa còn lại sẽ gây ô nhiễm nước nên cản phải được xử lý trước khi thải ra môi trường. Chất kết tụ sinh học (bioflocculants) là một hợp chất cao phân tử được tổng hợp trong quá trình phát triển của các vi sinh vật. Chúng có tác dụng nhanh chóng và an toàn cho con người và môi trường nên được nghiên cứu và ứng dụng để xử lý nước thải. Chủng vi khuẩn Bacillus subtilis PRO.01.C được phân lập từ mẫu nước thải cơ sở sản xuất hủ tiếu Mỹ Tho ở tỉnh Tiền Giang, có khả năng tổng hợp chất kết tụ sinh học với thành phần môi trường tối ưu gồm tinh bột (1,00%), urea (0,05%), KCl 0,25%) ở pH 6 cho tỷ lệ kết tụ 46,37% với dung dịch kaolin sau 60 phút để lắng, bổ sung dung dịch CaCl2 và 0,2% dịch nuôi sinh khối vi khuẩn. Ứng dụng chủng vi khuẩn này trong xử lý nước thải sau chế biến sữa đậu nành đã làm giảm các chỉ số BOD5, chỉ số tu TSS, chỉ số nitơ tổng, chỉ số photpho tổng và hàm lượng amonium lån lượt là 6,68%, 18,34%, 6,69 %, 9,37% và 87,8% so với chỉ số ban đầu. Chỉ tiêu photpho tổng, nitơ tổng, hàm lượng amoni và pH nước thải đạt tiêu chuẩn A của quy chuẩn QCVN 40/2011/BTNMT.