Xác định đúng loài sẽ giúp ích cho việc bảo tồn cũng như các nghiên cứu về sinh học tiến hóa và hệ thống học của loài. Mã vạch DNA là công cụ hữu ích để xác định loài bằng cách sử dụng các đoạn DNA bộ gen được chuẩn hóa. Chúng tôi sử dụng mã vạch DNA (gen ITS-rDNA) để khám phá tình trạng phân loại của loài Hoa trứng gà yên tử dựa trên 19 mẫu thu thập ở rừng quốc gia Yên Tử, tỉnh Quảng Ninh nhằm cung cấp một cách nhìn mới về mối quan hệ phát sinh loài của chi Ngọc Lan (Magnolia L.), họ Ngọc Lan (Magnoliaceae). Trong nghiên cứu này, tỷ lệ thành công cho phản ứng khuyếch đại PCR vùng gen ITS-rDNA là 100%. Tỷ lệ đọc thành công trình tự hai chiều đạt được từ sản phẩm PCR là 100% đối với đoạn gen ITS-rDNA dài 600 bp và đăng ký trên GenBank (Mã số MW969605 đến MW969623). Phân tích phát sinh loài sử dụng phương pháp ML chỉ ra rằng các mẫu Hoa trứng gà yên tử (Magnolia sp.) có mối quan hệ gần gũi với các loài Magnolia championii, M. albosericea, M. coco và hình thành một nhánh chị em đối với ba loài nói trên. Chúng tôi xác nhận Hoa trứng gà yên tử (Magnolia sp.) ở rừng quốc gia Yên Tử là M. quangninhensis và nghiên cứu này cung cấp dữ liệu di truyền đầu tiên của loài này. Khoảng cách di truyền giữa các loài trong và giữa các loài Magnolia 2,7% (dao động từ 0 đến 5,7%). Nghiên cứu hiện tại cung cấp thêm bằng chứng về vùng gen ITS-rDNA như một dấu hiệu hữu ích để xác định loài trong chi Magnolia.