Trung tâm Y học dưới nước và oxy cao áp được thành lập ngày 26/8/2012 trên cơ sở khoa Y học dưới nước và Ôxy cao áp được thành lập tháng 10 năm năm 2007, bao gồm 3 đơn vị thuộc Trung tâm - Đơn vị Y học dưới nước. - Đơn vị Cao áp lâm sàng. - Đơn vị Phục hồi chức năng Lao động biển. Trải qua quá trình hoạt động, được sự quan tâm của Lãnh đạo Viện, hiện nay Trung tâm đã đào tạo được đội ngũ cán bộ có kiến thức chuyên sâu về y học dưới nước và oxy cao áp tại nước ngoài và tại Viện. Trung tâm được trang bị hệ thống thiết bị cao áp hiện đại nhất Việt Nam và khu vực, Trung tâm trở thành đơn vị mũi nhọn và đặc thù của Viện, góp phần xây dựng Viện ngày càng phát triển.