Nghiên cứu này sử dụng kết hợp hai chỉ số chất lượng nước (WQI) và chỉ số sinh học khuê tảo (BDI) để đánh giá hiện trạng chất lượng nước sông Sài Gòn. Các thông số chất lượng nước và mẫu khuê tảo được thu vào mùa khô và mùa mưa tại 6 vị trí trên sông Sài Gòn. Tổng số 52 loài khuê tảo thuộc 18 chi được ghi nhận. Kết quả phân tích cho thấy, chỉ số WQI ở các điểm khảo sát dao động từ 56-67, chỉ số BDI dao động từ 8,6-12,8. Theo chỉ số WQI chất lượng nước sông Sài Gòn xếp loại trung bình. Tuy nhiên, chỉ số BDI chia chất lượng nước sông Sài Gòn ở hai mức trung bình, và riêng điểm SG6 (khu vực Thủ Thiêm) có chất lượng nước kém. Nghiên cứu này cho thấy, chỉ số BDI từ khuê tảo phản ánh thêm thông tin về hiện trạng chất lượng nước, do đó có thể sử dụng chỉ số này trong các chương trình quan trắc môi trường.