Hơn 70 năm xây dựng và trưởng thành, song hành với sứ mệnh đào tạo, bồi dưỡng cán bộ lãnh đạo, quản lý của các địa phương vùng Nam Bộ, hoạt động nghiên cứu khoa học của Học viện Chính trị khu vực II luôn được quan tâm, chú trọng đúng mức và đạt được nhiều kết quả quan trọng. Hoạt động nghiên cứu khoa học hướng vào nghiên cứu, bổ sung phát triển lý luận, nhằm cung cấp những luận cứ khoa học và vận dụng lý luận để giải quyết những vấn đề mà thực tiễn đặt ra, phục vụ thiết thực cho công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ và phát triển kinh tế - xã hội của đất nước, của khu vực Nam Bộ.