Bài báo này, trên cơ sở phân tích kết quả điều tra, trình bày nguồn thu, bao gồm nguồn hỗ trợ kinh phí sử dụng dịch vụ công ích và nguồn thu phí nội đồng và mức chi QLVH của các tổ chức thủy lợi cơ sở. Tùy thuộc vào quy mô diện tích, kinh phí cấp bù có giá trị từ 180 tr.đồng đến 130 tr.đồng cho một tổ chức TLCS đối với vùng Miền núi và Tây Nguyên
từ 560 tr đến 300 tr đồng đối với vùng Đồng Bằng Sông Hồng và các tỉnh Duyên hải miền trung. Nguồn kinh phí này chủ yếu chi cho 2 khoản quản lý vận hành, từ 20-60%, và bảo trì công trình. Tại vùng Đông Nam bộ và một số tỉnh Vùng Nam Trung bộ, như Ninh Thuận, Bình Thuận, hầu hết các tổ chức thủy lợi cơ sở không quản lý công trình độc lập hoặc không quản lý công trình vượt quy mô cống đầu kênh nên không được hưởng thủy lợi phí cấp bù. Tại vùng Đồng bằng sông Cửu Long kinh phí cấp bù thủy lợi phí chuyển cho UBND các huyện thực hiện duy tu, nạo vét các công trình thủy lợi trong huyện có giá trị bình quân 17.124 tr. đ/huyện. Mức thu phí nội đồng tại các tổ chức thủy lợi cơ sở tại vùng đồng bằng sông Cửu long vào khoảng 800.000-1.500.000 đ/ha.vụ. Đối với các vùng còn lại trong cả nước dao động từ 200.000 đ/ha.vụ ở vùng miền núi đến 600.000 đ/ha.vụ vùng đồng bằng. Toàn bộ khoản thu thủy lợi phí nội đồng này được sử dụng cho công tác quản lý vận hành công trình thủy lợi nội đồng. Tỷ lệ thủy lợi phí nội đồng thu đạt xấp xỉ 100% đối với vùng trung và hạ du đồng bằng sông Hồng, vùng Đồng Băng Sông Cửu Long. Tại các vùng còn lại tỷ lệ thu đạt giao động 80-90%.