Với mục đích bỏ lối học từ chương, du nhập những tư tưởng mới, phát triển văn hóa, giáo dục, Đông Kinh nghĩa thục mặc dù cổ súy học chữ Quốc ngữ nhưng vẫn sử dụng nhiều sách chữ Hán làm tài liệu giảng dạy và học tập. Điều này được lý giải bởi đội ngũ giảo viên của trường phần lớn là các nhà Nho, giỏi Hán văn và còn bởi những nội dung tiến bộ, những điểm cách tân mà các tài liệu Hán văn này chuyển tải, nhằm mục đích khai dân trí, chấn dân khí. Bài viết này vì thế chủ yếu đi vào trình bày 2 vấn đề chính tổng quan về hệ thống sách giáo khoa chữ Hán của Đông Kinh nghĩa thục và phân tích những điểm cách tân trong hệ thống sách giáo khoa chữ Hán này.