Nghiên cứu này nhằm định danh loài và đa dạng di truyền bốn quần đàn cá chim vây vàng thu ở Nha Trang, Vũng Tàu, Hải Phòng và Quảng Ninh. Phương pháp sinh học phân tử dựa vào trình tự gen COI và chỉ thị microsatellite được áp dụng. Kết quả cho thấy trình tự vùng gen COI cá chim vây vàng thu được có độ tương đồng cao (99-100%) so với các trình tự COI của cá chim vây vàng Trachinotus ovatus đã được công bố với mã hiệu genbank KF356397.1, HQ127346.1 và 10 KJ642220,1. Đa dạng di truyền bằng chỉ thị phân tử microsatellite thể hiện mức đa hình alen cao (trung bình từ 8-15,33 alen) và mức độ đa hình của các microsatellite cao (chỉ số PIC trung bình đạt 0,685-0,839). Hệ số cận huyết Fis >
0 được ghi nhận ở quần đàn cá chim Hải Phòng và Vũng Tàu, trong khi quần đàn cá Nha Trang và Quảng Ninh có hệ số cận huyết thấp với Fis <
0. Mối quan hệ di truyền được phản ánh qua hệ số Fst cho thấy sai khác di truyền giữa các quần đàn ở mức trung bình, trong đó quần đàn Vũng Tàu có quan hệ di truyền gần gũi với các quần đàn còn lại hơn khi so với quần đàn Hải Phòng, Quảng Ninh và Nha Trang. Các quần đàn cá nghiên cứu đều không cho thấy cấu trúc quần thể rõ ràng theo kết quả phân tích AMOVA. Những kết quả này là cơ sở khoa học hỗ trợ công tác hình thành nguồn vật liệu ban đầu cho các chương trình chọn giống cá chim vây vàng.