Cây sen (Nelumbo spp.) thuộc họ Nelumbonaceace là một cây trồng quan trọng, có nhiều công dụng như làm cảnh, dinh dưỡng đến giá trị dược liệu và được trồng, sử dụng rộng rãi ở Việt Nam. Nghiên cứu này được tiến hành nhằm đánh giá đa dạng di truyền của 30 mẫu giống sen thu thập trong nước bằng chỉ thị phân tử RAPD và ISSR. Nghiên cứu sử dụng 30 mồi (12 chỉ thị RAPD và 18 chỉ thị ISSR) và phát hiện được 178 locus trong đó có 115 locus đa hình và nhân bản được tổng số 4084 băng vạch sản phẩm PCR. Kết quả phân tích đa dạng di truyền khi kết hợp cả hai chỉ thị RAPD và ISSR cho thấy hệ số tương đồng di truyền của 30 mẫu giống sen dao động từ 0,65-0,93. Ở mức tương đồng di truyền 0,80, 30 mẫu giống sen được tách thành 4 nhóm chính. Kết quả trên cho thấy các mẫu giống sen nghiên cứu có mức độ đa dạng di truyền cao. Ba mươi mẫu giống sen thu thập được sẽ là nguồn gen quý phục vụ cho công tác bảo tồn và phát triển nguồn gen cũng như chọn tạo giống sen mới.