Cua bùn Scylla sp. là loài cua biển phổ biến ở Việt Nam cũng như ở Châu Á Thái Bình Dương. Ngày nay, cua bùn được nuôi với quy mô lớn và thu hoạch ở giai đoạn lột xác vỏ mềm có giá trị kinh tế cao hơn cua mai cứng. Hiện nay, việc chế biến cua lột chỉ dừng lại ở việc đóng gói và xuất khẩu nguyên con. Tuy nhiên, 30% cua lột trong chế biến thường bị rụng chân và càng, làm giảm giá thành sản phẩm. Vì vậy, nghiên cứu công nghệ chế biến cua lột để nâng cao giá trị sản phẩm cua lột là rất cần thiết. Gần đây, việc ứng dụng enzyme trong chế biến mang lại nhiều lợi ích như thân thiện với môi trường và tạo ra nhiều hoạt chất có hoạt tính sinh học. Trong bài báo này, chúng tôi xây dựng quy trình xác định hàm lượng 17/20 amino acid trong quá trình chế biến cua lột Scylla sp. nhằm đảm bảo chất lượng sản phẩm thu được sau khi chế biến. Quy trình này dựa trên phương pháp HPLC sử dụng detector huỳnh quang. Kết quả cho thấy, hàm lượng 17 amino acid ở cua lột nguyên liệu là 4,53% và sau khi chế biến qua giai đoạn thủy phân bằng công nghệ enzyme đạt 65,58% khối lượng khô và có chứa hàm lương cao các amino acid có giá trị như lysine, leucine, valine, methionine, histidine.