Kết quả khảo sát cỏ biển ở đầm Thuỷ Triều tại 9 trạm đã xác định được 6 loài cỏ biển, thuộc hai họ Hydrocharitaceae và Cymodoceaceae. Các loài Halodule uninervis, Halophila ovalis, và Enhalus acoroides là các loài chiếm ưu thế. Đầm Thuỷ Triều có mức độ đa dạng loài trung bình so với đầm Nha Phu và vịnh Cam Ranh. Mật độ, sinh khối và độ phủ của thảm cỏ biển nơi đây có sự suy giảm đáng kể so với các kết quả khảo sát trước đây.