Trong quá trình các trường đại học chuyển đổi cơ chế quản lý, điều hành và vận động theo cơ chế tự chủ đại học, công đoàn các trường đại học sẽ có tác động và ảnh hưởng rất lớn tới đội ngũ nhà giáo, người lao động (NGNLĐ) trên nhiều phương diện. Hoạt động của tổ chức công đoàn trong các nhà trường cũng có mặt trong các khâu quan trọng, như thành lập, kiện toàn hội đồng trường
nâng cao năng lực quản trị và tổ chức truyền thông. Vì thế, hoạt động công đoàn đang đứng trước những cơ hội, cũng như thách thức rất lớn, đòi hỏi mỗi cán bộ công đoàn phải có nhận thức đầy đủ về quá trình chuyển đổi cửa nhà trường.