Hiện Phú Quốc có khoảng 86 doanh nghiệp và một số hộ sản xuất nước mắm nhỏ lẻ, năng lực sản xuất khoảng 25 triệu lít/ năm. Trong 30 doanh nghiệp khảo sát có 20% đủ điều kiện xuất khẩu, đa số sử dụng lao động gia đình, sản xuất dựa vào kinh nghiệm, thiếu người có chuyên môn về chế biến và quản lý chất lượng.Nguyên liệu là cá cơm lẫn một ít cá tạp. Muối được mua từ tỉnh khác. Nước sản xuất là nguồn nước của đảo. Cá, muối và nước không chứa Asen vô cơ. Quy trình làm nước mắm Phú Quốc là quy trình cổ truyền, ủ chượp trong thùng gỗ, thời gian ủ khoảng một năm. So với các quy định của TCVN 51072018 và Codex Stan 302-2011 thì 100% mẫu nước mắm Phú Quốc không chứa Asen vô cơ
100% đạt yêu cầu về Cảm quan, Nt, NNH3 và Muối
96,67% đạt yêu cầu về Naa
66,67% đạt yêu cầu về Histamin. Tỷ lệ mẫu không đạt yêu cầu về hàm lượng Naa là 3,33% và Histamin là 33,33%, trong đó có cả nước mắm cao đạm (>
40 độ đạm) và nước mắm thấp đạm (20÷30 độ đạm). Do vậy việc tiếp tục nghiên cứu các giải pháp nhằm nâng cao chất lượng và hạn chế hàm lượng histamin cho nước mắm mang chỉ dẫn địa lý Phú Quốc, đặc biệt là nước mắm xuất khẩu là rất cần thiết và có ý nghĩa.yt