Nghiên cứu tiến hành xác định chỉ thị SSR tối ưu liên kết với gen shrunken2 (sh2), sugary1 (su1) kiểm soát độ ngọt và ứng dụng chọn lọc trên 30 dòng ngô ngọt tự phối S3. Bốn chỉ thị SSR liên kết chặt với gen sh2 (umc1320, umc2276, umc1273, bnlg1257) và bốn chỉ thị SSR liên kết chặt với gen su1 (umc1142, umc1031, bnlg1937, umc2061) được khảo sát trên ba dòng thuần đối chứng. Kết quả cho thấy chỉ thị umc2276 và umc1031 là phù hợp nhất để xác định gen sh2 và su1, tương ứng. Ứng dụng hai chỉ thị này khảo sát trên 30 dòng ngô ngọt tự phối S3 đã chọn được bảy dòng đồng hợp tử gen lặn sh2sh2 (D04, D09, D13, D21, D22, D24, D25), hai dòng đồng hợp tử gen lặn su1su1 (D19, D30) và hai dòng đồng hợp tử ngọt lặn kép sh2sh2su1su1 (D11, D14). Đánh giá kiểu hình đã xác nhận sự tương đồng với kiểu gen cho thấy độ chính xác cao của các chỉ thị phân tử được chọn. Nhóm dòng đồng hợp tử lặn kép sh2sh2su1su1 có tổng lượng chất rắn hòa tan cao hơn nhóm dòng sh2sh2 và vượt trội so với nhóm dòng su1su1. Hai chỉ thị SSR và mười một dòng mang gen mục tiêu này là cơ sở để phát triển nhanh dòng thuần ưu tú và xây dựng chương trình ứng dụng chỉ thị phân tử chọn giống ngô thực phẩm tại Việt Nam.