Đất ngập nước (ĐNN) huyện Cần Giờ được tạo thành từ tô hợp các yếu tố địa chất - địa mạo, chế độ ngập, thảm thực vật và đất dưới ĐNN. Áp dụng hệ thống phân loại ĐNN của Phan Liêu (2006), kết quả có 1 đơn vị ở bậc hệ thõng chứa 5 hệ thõng phụ chia thành 7 lớp với 12 lớp phụ có 28 loại. Trong đó, 5 đơn vị ĐNN ở bậc hệ thống phụ được chọn làm định hướng sử dụng cho vùng ĐNN này. Đơn vị ĐNN đầm lầy mặn chiếm 56,2% diện tích tự nhiên được định hướng sử dụng cho việc bảo tồn kết hợp du lịch sinh thái
ĐNN mặt nước mở chiếm 27,2% sử dụng cho việc nuôi trồng thủy sản và giao thông đường thủy
ĐNN đồng thủy triều thấp chiếm 10,53% sử dụng cho dân cư và nuôi trồng thủy sản
ĐNN bãi thủy triều chiếm 2,98% dành cho việc phát triển hệ sinh thái, tăng tính đa dạng sinh học và du lịch
ĐNN đồng thủy triều cao chiếm 1,48% diện tích định hướng sử dụng cho phát triển nông nghiệp như trồng cây ăn trái, hoa màu và lúa.