Chất lượng nước tại các hồ thủy lợi nông nghiệp trên địa bàn huyện Phú Ninh đang có dấu hiệu ô nhiễm. Ô nhiễm có thể xảy ra ở một số nơi nhất định tại các bộ phận của hồ hoặc toàn bộ hồ. Về chi tiết, khi so sánh mẫu nước với chất lượng nước dùng cho hệ thống tưới tiêu và các mục đích khác được quy định trong QCVN 08 2015, cột B1, chỉ các chỉ số bao gồm PO3- 4, Coliform, E.coli là dưới giới hạn cho phép trong khi các chỉ số còn lại vượt quá giới hạn cho phép tại một hoặc một số điểm. Ví dụ, mức DO dao động trong khoảng 1,75-6,90 mg / l, BOD5 trong khoảng 3,84- 21,12 mg / l, COD trong khoảng 32,0-70,4 mg / l
N-NH4 trong khoảng 0,198-1,902 mg / l. Mặt khác, Chỉ số WQI dao động trong khoảng 14-75 cho thấy một số nơi đang có dấu hiệu ô nhiễm nặng yêu cầu giải pháp cần thiết để giải quyết.