Vi sinh vật đất đóng vai trò rất quan trọng trong tất cả các quá trình lý, hóa và sinh học đất. Ở các môi trường sống khác nhau thì sự phân bố và số lượng các loài vi sinh vật trong đất cũng khác nhau. Kết quả nghiên cứu cho thấy thành phần vi sinh vật ở các trạng thái rừng ở cả mùa mưa và mùa khô thì mật độ vi khuẩn chiếm từ 94 - 97% tổng số vi sinh vật với mức độ đa dạng loài cao nhất (chiếm trên 50% tổng số loài vi sinh vật), xạ khuẩn chiếm 3 - 5% với mức độ đa dạng loài chiếm khoảng 30% và nấm mốc chỉ chiểm từ dưới 1 đến 1% với mức độ đa dạng loài thấp (chiếm khoảng 15%). Mật độ và số lượng loài vi sinh vật đất ở mùa mưa cao hơn nhiều so với mùa khô, trong đó, mật độ vi sinh vật trung bình cao nhất ở rừng Khộp có cấu trúc tương đối ổn định, giảm dần đến rừng Khộp non mới tái sinh phục hồi chưa ổn định, rừng Khộp đã bị tác động mạnh và rừng chuyển đổi mục đích trồng cao su. Mật độ vi sinh vật hữu ích trong đất đều cao nhất ở cả mùa khô (3,79.105 CFU/g đất) và mùa mưa (7,3.105 CFU/g đất) ở trạng thái rừng Khộp có cấu trúc tương đối ổn định
thấp nhất trong mùa khô (1,68.105 CFU/g đất) ở trạng thái rừng chuyển đổi mục đích trồng cao su, thấp nhất trong mùa mưa (4,79.105 CFU/g đất) ở trạng thái rừng Khộp non tái sinh mới phục hồi chưa ổn định. Sự khác biệt này chủ yếu do độ ẩm, độ pH và hàm lượng chất hữu cơ trong đất ở các trạng thái rừng.